Das älteste Zeugnis einer Kirche in Lochhausen liefert das Pfarrbuch von 1627: Im „Inventarium“ ist ein tragbarer Altar verzeichnet mit der Aufschrift (in deutscher Übersetzung): „Im November 1172 wurde dieser Tisch vom ehrwürdigen Bischof Adalbert aus Freising geweiht“. Damals gehörte St. Michael Lochhausen neben den Kirchen in Pasing, Allach, Ober- und Untermenzing, der Blutenburg, Pipping und Laim zu einem Pfarrverband, dessen Zentrum die Urpfarrei Aubing war.
1315 ist Lochhausen allerdings schon selbständige Pfarrei und bekommt schließlich mit der Kirche in Freiham eine eigene Filiale.
Chor und Sattelturm der bestehenden Kirche sind spätgotisch, wobei allerdings nur die Anschaffung einer Glocke 1430 und Renovierungsarbeiten 1449 überliefert sind, die vielleicht noch im Zusammenhang mit der Schlacht bei Alling 1422 zu sehen sind, als viele benachbarten Kirchen in Brand gesteckt wurden. 1590 wurde imTurm eine eiserne „Schlaguhr“ mit vergoldeten Zeigern eingebaut.
Eine neuerliche Renovierung erfolgte 1607-1609, wovon vor allem der Choraltar und die beiden tragbaren Seitenaltäre betroffen waren, die nach einer Aufstellung von 1727 vermutlich der heiligen Jungfrau Maria und Sankt Anna geweiht und gestiftet worden waren. Eine weitere Renovierung erfolgte 1626, die sich wahrscheinlich auf den Turm beschränkte, denn im gleichen Jahr sund die Reparatur der Turmuhr und die Weihe einer neuen Glocke für Lochhausen bekannt.
1708 wurde die Sakristei erbaut, fünf Jahre später ließ man ein Oratorium darüber einrichten, die Kirche mit Sitzen auszustaffieren, ein neues Fenster aushauen und die anderen mit durchsichtigem Glas versehen. 1735 versetzte eine Erbschaft den über Platznot an den Hochfesten klagenden Pfarrer, das Langhaus um „8 Schuh“ zu erweitern, ein hölzernes Gewölbe einzuziehen und die zwei Seitenaltäre weiter auseinanderzusetzen, damit der Eingang auf das Chor ein wenig erweitert würde.
Bischof Johann Theodor von Freising konfirmierte 1737 offiziell die Errichtung einer Herz-Jesu-Bruderschaft, mit dem Segen des Papstes Clemens XII.. Diese Bruderschaft bestand noch bis ins 20. Jh. hinein und ihren, sowie privaten, Stiftungen ist auch ein Großteil der Barockausstattung des Chorraumes zu verdanken, die 1740-45 ausgeführt wurde.
1901 wurde der heutig Pfarrhof erbaut, unter anderem mit Hilfe einer Schenkung des Reichsrates und Großindustriellen Hugo von Maffei, seinerzeit Besitzer von Freiham.
1917: Einführung der elektrischen Beleuchtung
1926-27: Renovierung des Chorraumes, wobei die Gemeinde Hand- und Spanndienste leistete und die Ziegelei Baumaterial zur Verfügung stellte. 1927 weihte Michael Kardinal von Faulhaber das neue Gotteshaus ein.
Im 2. Weltkrieg wurden die beiden alten Kirchenglocken zur Metallgewinnung eingeschmolzen, heute sind vier vorhanden (St.-Michael-, Herz-Jesu-, Ave-Maria- und St.-Margaret-Glocke), die aus der Gießerei des Bochumer Vereins stammen und 1950 von Weihbischof Johannes Neuhäusler konsekriert wurden.
1965/66 erfolgte eine weitere Renovierung, der die beiden Seitenaltäre zum Opfer fielen. Die Kirche wurde nach den Richtlinien des II. Vaticanums umgestaltet, wobei gleichzeitig die Münchner Kirchenmaler Karl Eixenberger und T. Anton Petri die Originalfassung der Chorstukkaturen und des Hochaltars wieder freilegten und ergänzten. Die Lochhausener Firma Sollwerk besorgte die Malerarbeiten im Kirchenschiff und Außenbau.
1976 stattete Hans Karl aus Aichstetten/Württemberg die Kirche mit einer neuen Orgel aus.
Eine Restaurierung wurde 1980 – 1986 unter Stadtpfarrer Josef Schäfer mit Hilfe des Baureferats der Diözese München-Freising, der diözesanen Zuschüsse und nicht zuletzt mit Hilfe großzügiger Spenden der Pfarrgemeinde durchgeführt. Dabei wurden u. a. Apsis und Turm renoviert; das Langhaus wurde neu gedeckt, sowie das Fundament an der Nordseite mit einer 1,25 m starken Betonmauer verstärkt. Im Kircheninnern verlegte man einen neuen Boden aus Solnhofener Platten; die Bänke wurden abgebeizt, drei neue Altäre geschaffen und sämtliche Gemälde renoviert, wobei die Apostelbilder und das Glasgemälde vom Pfarrhofspeicher zurück in das Gotteshaus kamen; die Statuen wurden neu gefasst, alle Fenster erhielten „Goethe-Glas“ und Sechseckverbleiung. Außerdem stattete man 1985 die Sakristei neu aus. Zuletzt wurde noch die Orgel überholt und die Außenanlage neu gestaltet.
Derzeit (2020) erfolgt eine Restaurierung im Altarraum, wobei vor allem die Deckengemälde betroffen sind.
Literatur:
Schnell, Hugo/Steiner, Johannes: Schnell, Kunstführer Nr. 1694, 1. Auflage 1988